डॉन अखबार की खबर के मुताबिक, नागर विमानन प्राधिकरण ने दो जून के एक पत्र में राष्ट्रीय एयरलाइन से कहा है कि दुर्घटनाग्रस्त विमान के पायलट ने एटीसी के निर्देशों का पालन नहीं किया। एटीसी के अधिकारी इफ्तिखार अहमद ने पीआईए सुरक्षा एवं गुणवत्ता आश्वासन विभाग को लिखे पत्र में पीके-8303 द्वारा एटीसी के निर्देशों का पालन नहीं किये जाने का जिक्र किया है। साथ ही, यह सुनिश्चित करने को भी कहा है कि उड़ान सुरक्षा के हित में इस तरह की स्थिति की पुनरावृत्ति नहीं हो। पत्र में यह दावा किया गया है कि पायलट को उड़ान की गति और ऊंचाई के बारे में दो बार चेतावनी दी गई थी, लेकिन निर्देशों का पालन नहीं किया गया।  वहीं, पाकिस्तान एयरलाइंस पायलट एसोसिएशन ने कहा कि दुर्घटना के बारे में सीमित ब्यौरा जारी करना मामले की चल रही जांच को गंभीर रूप से प्रभावित कर सकता है। इस बीच, फ्रांसीसी हवाई सुरक्षा संगठन ने घोषणा की कि एयरबस ए -320 का ब्लैक बॉक्स सफलतापूर्वक डॉउनलोड किया गया है, उसका विश्लेषण किया जा रहा है। डेटा का विश्लेषण कार्य प्रगति पर है और यह इस हफ्ते जारी रहेगा।